《海军罪案调查处：起源》第三季采用过去与现在交错的叙事。1992年，年轻的吉布斯与拉拉在首次接吻后重新面对彼此的关系，彭德尔顿营地调查团队却突然遭遇兰迪被绑架的危机。迈克·弗兰克斯率队展开营救，调查逐渐揭露案件背后的权力纠葛，同时还要应付办公室可能关闭的压力。多年后，已经退休的吉布斯在阿拉斯加遭到神秘袭击，平静生活被彻底打破。他被迫重拾调查本领，追查袭击者与当年案件的联系，也重新面对那些始终未能放下的人与往事。