《中央情报局》第二季继续围绕纽约的中情局与联邦调查局联合行动小组展开。行事大胆、不拘规则的中情局探员科林·格拉斯，与严守程序的联邦探员比尔·古德曼，再度合作处理间谍活动、恐怖威胁及跨国阴谋。首集中，一名贩毒集团的中间人抵达纽约，团队追踪时却发现缉毒局探员遇害，必须迅速阻止更多谋杀。刚经历父亲去世的比尔重返岗位，又意外发现父亲与中情局有关，开始追查家族隐秘。与此同时，科林仍要面对旧爱与内鬼事件留下的问题，两人在危险任务中不断磨合，也重新判断谁值得信任。